Giunto in Centro-America, il P. Cosma dedicò i primi due anni a un’intensa preparazione all'apostolato, una specie di «secondo» noviziato, prima di slanciarsi all'evangelizzazione. Prese visione coscienziosa e approfondita dei problemi locali di carattere religioso, s'impratichì della lingua indigena, lo spagnolo, quindi fu eletto parroco di san Juan Nonualco. (In seguito verrà eletto anche vicario episcopale per il dipartimento di La Paz). Questa parrocchia sarà il suo campo di lavoro e di apostolato fino alla morte.
San Francesco d'Assisi, dopo aver udite distinte le parole del Crocifisso di san Damiano:
«Va', Francesco, ripara la mia chiesa che sta per rovinare», s'improvvisò muratore e si mise a girare per le vie d'Assisi chiedendo alla gente: «Chi mi dà una pietra avrà una grazia: chi mi dà due pietre avrà due grazie: chi mi dà tre pie tre avrà tre grazie... e così via» (S. Francesco d'Assisi). Maria Sticco).
Restaurò di fatto alcune chiese fatiscenti, poi comprese che il Signore non lo voleva restauratore di chiese fatte di pietra, ma rinnovatore della Chiesa formata dagli uomini.
P. Cosma, in terra d'America seguirà l'esempio del Padre Serafico.
«Al suo attivo stanno: la costruzione della bella chiesa parrocchiale: la fondazione e l'ulteriore sviluppo della scuola parrocchiale Juan 23: la restaurazione della chiesa del 'Signor della carità, e soprattutto il suo assiduo impegno per la gioventù» (P. Benedetto Trentin).
Dall'Italia e da ogni parte dove aveva occasione di recarsi per ministero o per altri impegni civili e sociali, portava sempre oggetti e paramenti sacri per il decoro del culto divino.
Ma la sua cura particolare era la chiesa spirituale fatta di anime e di corpi. Visita assidua agli ammalati, agli infermi, ai quali portava il conforto dei santi sacramenti della Fede: Confessione, Comunione, Olio degli Infermi; l'insegnamento della religione nelle aule scolastiche ed in chiesa, in giorni concordemente programmati con le famiglie; catechesi per gli adulti; conferenze e istruzioni particolari per i giovani che si preparavano a formare una nuova famiglia. La porta della canonica (agl'inizi del suo ministero, povera, disadorna, spoglia come la capanna di Betlemme), era sempre aperta a tutti. I poveri, v'entravano come se fosse davvero la propria abitazione: qualcosa trovavano sempre da mettere sotto i denti, accompagnata da buone parole, da un gesto fraterno, da un sorriso simpatico, amabile.
«San Juan, 15 mila abitanti, 53 chilometri da San Salvador, è un altro paese povero che potrebbe essere ricco. Cotone e canna da zucchero, che potrebbero costituire una ricchezza per tutti, è affare di pochi privilegiati. Chi li coltiva deve accontentarsi di un piatto di fagioli e delle frittelle di granoturco. A tre chilometri c'è Zacatecoluca, 50 mila abitanti, uno dei centri dove nasce la guerriglia».
Il P. Marcelliano Zuliani, che fu Segretario Provinciale dei Frati Francescani Veneti dal 1968 al 1974, accompagnò il Superiore Provinciale in visita alle «Missioni del Centro-America», dal 13 gennaio al 1° aprile 1970.
Di ritorno stampò una relazione, meglio, un volume dal titolo: «Nei Paesi dal piatto d'oro» nel quale fa un'ampia descrizione di luoghi, persone, usi, costumi, delle genti di laggiù.
Ecco come tratteggiò il paese, la parrocchia, la gente, la figura e l'opera del confratello P. Cosma:
«Il paese di san Juan Nonualco non è molto grande; vi si arriva direttamente dalla strada asfaltata, sulle cui sponde si dispongono le prime case e i negozi di generi alimentari e di bevande. Il caldo è particolarmente intenso; ciò spiega la presenza di piccole rivendite di bevande rinfrescanti. Il termometro può segnare punte di 30-37 gradi in ogni mese dell'anno. Il centro della cittadina è dominato dalla chiesa e dal suo piazzale. P. Cosma Spessotto è parroco di questa popolazione da circa 17 anni. Egli ha sviluppato un seguito di opere, che non è facile enumerare e descrivere; ci limiteremo alle principali.
La vecchia chiesa, in legno e terra battuta, molto grande, è stata rifatta in mattoni policromi nella parte anteriore; vi si accede per una maestosa gradinata. La facciata termina con il campanile slancialo, alto 26 metri, la cui grandiosa croce è illuminata ogni notte. Essa è visibile da molti chilometri di distanza, fino alle sponde delle isole del Pacifico. Un concerto di campane di bronzo forma la meraviglia e l'allegria di questa estesa ed ardente pianura. La parte nuova della chiesa è affrescala con santi e simboli francescani, il che rende ancora più aperto il contrasto con la parte vecchia, più bassa di alcuni metri e priva di luce.
L'altare è rivolto verso il popolo.
La casa canonica ha un aspetto di eleganza, nuova per questi luoghi. Costruita sotto la direzione del P. Cosma, risponde ad esigenze funzionali: ufficio parrocchiale, stanza di ricevimento. Nel corridoio interno, lungo una ventina di metri, sono state ricavate altre stanze e officine per la costruzione di banchi in ferro. In queste officine lavorano e si guadagnano un onesto salario 5 operai. Attualmente fabbricano delle sedie per le scuole pubbliche. In molte case non si conosceva l'uso della sedia.    
Nella parte vecchia, P. Cosma ha iniziato la costruzione di un'officina più spaziosa, per dar modo ai ragazzi di apprendere il mestiere ed avviarsi al lavoro. Dietro la chiesa, in case acquistate da qualche anno e trasformate in varie aule, sorge la scuola parrocchiale per le classi elementari. È frequentata da circa trecento alunni, tra ragazzi e bambine.

Tra non molto la scuola sarà ampliata: i lavori di sbancamento sono già in corso. Il territorio della parrocchia abbraccia anche le isole e le «Heraduras» del Pacifico. I pescatori che vivono su quelle terre non avevano mai visto in vita loro un sacerdote. P. Cosma ci è entrato per la prima volta... ora le visita ogni quindici giorni. La gente del mare apprezza il disinteresse del Padre, il suo zelo, e la cura per loro».