Il P. Cosma, ai primi di maggio del 1980 si ammala. Lo ricoverano in ospedale a San Salvador. I medici non concedono molte speranze. Invece, un mese dopo il frate salta giù dal letto guarito, e decide di rientrare nella sua nuova parrocchia. Ma per quel giorno 14 giugno viene invitato nella vecchia parrocchia di San Juan per assistere ad una santa Messa ordinata da una signora di Nonualco in ringraziamento... Le prime ore del pomeriggio, P. Cosma le occupò per mettere un po' d'ordine nella sua stanza, composta da una tenda che la separa dall'ingresso, da un letto fasciato dal mosquitero, da un tavolo, da un lavandino, da casse di libri, un vecchio giradischi, e dal telefono a manovella. Poi si avviò lieto e ignaro alla chiesa dal bel campanile rosso, mezzo romanico, mezzo rinascimentale, con le squillanti campane, mandategli in dono dagli amici compaesani di Mansué (Italia).
P. Filiberto Dal Bosco, suo confratello, condiscepolo e per un periodo di tempo anche suo Superiore come Custode (Superiore Provinciale della Missione) del Commissariato francescano del Salvador, lasciò scritto:
“Due giorni prima del sacrificio, Padre Cosma aveva regalato una corona del Rosario a tutti i religiosi e ai fratini della Comunità. Nella mattinata del giorno 14 aveva celebrato la santa Messa nel seminario di Planes de Renderos per i giovani aspiranti alla vita religiosa francescana, parlando della Madonna in termini entusiastici. Nelle prime ore del pomeriggio mi raggiunse a San Juan Nonualco, per una sua seconda celebrazione. Nel frattempo notai due uomini seduti sulla porta esterna laterale della chiesa, dalla parte che guarda il convento. Non feci caso più che tanto, abituati com’eravamo a vivere in un'atmosfera di continue tensioni. La Messa era stata fissata per le ore 4 del pomeriggio. La chiesa era affollatissima ...
Padre Cosma celebra con fervore insolito. Durante la predica ricorda l'ultimo delitto: un ragazzo, figlio dell'ex sindaco di San Juan, ucciso dagli squadroni 'bianchi', nove giorni prima. E ancora una volta insiste sul perdono delle offese. Ripete le parole del Vangelo: 'Il pastore dà la vita per le sue pecorelle'. Conclude annunciando la prossima ordinazione sacerdotale di un giovane salvadoregno”.
“Quel tragico, fulgente 14 giugno, P. Cosma se ne stava in chiesa, in meditazione, a capo chino, con il messalino tra le mani, rivedendo la santa Messa che avrebbe dovuto animare il giorno seguente, festa esterna di sant'Antonio da Padova. Era stata una bella idea del P. Filiberto, quella d'invitare il suo carissimo condiscepolo P. Cosma, per detta solennità. Primo per fare un piacere personale a lui, poi per offrire a tutta la popolazione la più bella occasione di stringersi attorno al vecchio pastore.
Qualche minuto prima delle ore 19 mentre il P. Filiberto stava per indossare i paramenti sacri per la celebrazione dell'Eucaristia, ordinata per la recuperata salute del P. Cosma che attendeva in presbiterio con animo devoto e riconoscente, si ode una serie di spari. Il padre, chiede al sacrestano:
"Ma perché incominciano così presto a sparare?".
Evidentemente pensava che i giovani addetti ai fuochi d'artifizio, avessero voluto anticipare i lanci dei mortaretti per dimostrare la gioia d'avere il P. Cosma in mezzo a loro.
"No, no padre" — gridò il sacrestano — "qui sparano...!".
Cos'era accaduto? Mentre il P. Cosma attendeva in presbiterio che uscisse la santa Messa, uno con la faccia nascosta da un fazzoletto, presa dal tascapane una piccola mitragliatrice..., chiamato il Padre per nome... appena lui si voltò premette il grilletto...
Usciti in presbiterio videro il Padre che stava ruzzolando a terra, ed il sangue che incominciava a sgorgare dalle ferite.
Due suore che attendevano al confessionale, si gettarono a terra e udirono le ultime parole del Padre che mormorava:
"Perdono, perdono".
Erano le ore 19,10 esatte.
Poi scapparono fuori tutti compresi i chierichetti già pronti per il servizio liturgico.
In seguito la pietà della popolazione avvolse il suo corpo in un lenzuolo nuovo, bianco, prima di deporlo nel sepolcro. Così si usa qui in San Salvador, come si faceva al tempo di Gesù in Palestina. La polizia ha archiviato il caso con la formula abituale: "Desconosidos fuertemente armados".
"Perché l'hanno ucciso? P. Cosma non portava bandiera di parte. Aiutava gli uni e gli altri: difendeva gli uni e gli altri: non voleva violenze. La Messa ordinata era un tranello?".
Egli era andato in chiesa per incontrarsi con Dio...
Si trovava dinanzi all'Eucaristia...
Attendeva che uscisse il sacerdote per il Sacrificio Eucaristico...
Era l'ora della sera quando l'operaio rientra in seno alla famiglia...
Quando anche i sacerdoti, al termine della loro giornata d'apostolato, si sciolgono in confidenze con il Pastore Supremo delle anime.
In quel giorno, 14 giugno del 1980, alle ore 19, accanto al tabernacolo, nella sua chiesa, perché da lui costruita, ai piedi della statua della Madonna, nel giorno della festa del Cuore Immacolato di Maria, l'attendeva una sventagliata di mitra!”.
Un altro confratello scrisse: “Stava in ginocchio in un banco, al lato destro dell'aitar maggiore recitando i 'vespri', quando una sparatoria a distanza ravvicinata (più o meno 10 metri) faceva preciso bersaglio stroncando per sempre una esistenza sacerdotale-francescana e missionaria invidiabile!...
Una pallottola di calibro 32, dicono gl'intenditori, spezzò il braccio sinistro, una seconda passò ferendo leggermente la gola e una terza gli spezzò il cuore aprendogli l'arteria aorta. Morì in due minuti, in una orribile pozza di sangue.
Il suo vescovo monsignor Pietro Arnoldo Aparicio, nel discorso funebre commovente e contenuto, disse che la presente prova fu la più dura e dolorosa della sua lunga storia di vescovo di San Vicente. Mise in risalto la figura sacerdotale, religiosa e missionaria di P. Cosma, le sue doti di autentico sacerdote, autentico francescano, e missionario; un sacerdote che credette profondamente nel suo sacerdozio, nell'Eucaristia; e dispose che nel luogo preciso del suo martirio fosse posta una lapide con le seguenti parole:
“Al Sacerdote buono che credette nell'Eucaristia” (P. Bonizio Morin).
Qualcuno ha potuto notare che da mesi e mesi non si era potuto accendere la luce della Croce posta sulla facciata della chiesa. Chissà perché! Ma quella sera, durante la processione penitenziale organizzata da monsignor Fredi Delgado, la luce s accese e continua tuttora a risplendere e illuminare.
P. Albano Ferro che ha preso il suo posto nella parrocchia di San Juan Nonualco ha detto:
“L'hanno ucciso perché amava i poveri.
Adesso i poveri vengono qui, accendono un cero e parlano di continui miracoli...”.
Ormai in tutto l’El Salvador risuona l'inno di lode a Dio per il dono del P. Cosma, sia nella sua vita, come nella sua morte; soprattutto nella sua gloria.
Infatti: “P. Cosma non è santo perché martire, ma martire perché santo”, disse il suo vescovo diocesano (mons. Antonio Cunial).
Il suo martirio può essere considerato come il premio alla sua virtù, come la corona di gloria di tutta la sua vita. Cercava di portar pace e perdono in una terra ricca solo d'ingiustizie. Monsignor Alvares Eduardo, vescovo di San Michele (San Salvador), durante una conversazione di corridoio insieme agli altri vescovi di quella nazione, riuniti insieme per un fraterno simposio, in occasione della visita del Papa Giovanni Paolo II, dichiarò solennemente:
“Per il momento di veri martiri di Cristo ne abbiamo uno solo: il francescano P. Cosma Spessotto”.
Queste parole sono state riferite al P. Filiberto Dal Bosco, da un confratello della Congregazione di san Paolo, P. Orelliana, presente alla conversazione dei presuli.