Il convento dei Padri Francescani, custodi del santuario della Madonna dei Miracoli, fu costruito subito dopo la chiesa.
Fin dall'8 aprile 1510, cioè neppure un mese dopo l'Apparizione, i Francescani prestano servizio, chiamati qui dal Consiglio Comunale di Motta.
Il disegno del convento è semplice ed elegante: due chiostri e due cortili, disposti simmetricamente.
Nel 1957-58 tale simmetria è stata ritoccata con la ricostruzione del seminario dei chierici studenti, che richiese l'allungamento di un'ala del fabbricato.
Nei chiostri, dai colonnati agilissimi, si respira l'aria classica del Cinquecento, oltre che la pace francescana. Al centro del "chiostro dei fiori", vicino all'antico pozzo, vi sono uccelliere con fagiani, tortorelle e canarini, che salutano festosamente i pellegrini.
Il "chiostro del pozzo" ricorda usi e costumi di altri tempi. Qui venivano ad attingere l'acqua le generazioni dei "tempi passati", davvero allora, come cantava san Francesco:
"... la quale è molto utile e umile e preziosa e casta".

Nei due chiostri sono sistemati due musei.
Il museo della basilica, nel quale è raccolta la storia, la pietà e Parte del santuario; fra l'altre cose: una pianeta donata da S. Pio X, una seconda, regalata da Papa Giovanni XXIII, e una terza fatta giungere alla Madonna dei Miracoli dalla famiglia reale di Spagna.
Il museo missionario, con un'interessante collezione d'arte orientale. In quest'ampia sala sono conservati: il messalino macchiato di sangue che il padre Cosma teneva in mano al momento degli spari: il lenzuolo che coprì pietosamente il corpo del Padre appena caduto a terra, pure intriso di sangue: alcuni batuffoli di cotone, apposti inutilmente alle ferite, pregni di sangue.
Il P. Vito Guarato, missionario in El Salvador e che ci ha consegnato queste reliquie da custodire e da venerare racconta:
"Ebbi la fortuna di raccogliere con batuffoli di cotone il sangue che copiosamente sgorgò dalle ferite del corpo del P. Cosma".
Nell'udienza pubblica del 25 giugno, dello stesso anno, il P. Vito presentò al Santo Padre Giovanni Paolo II il libro che il Papa prese in mano e baciò devotamente con parole di conforto, attirando l'attenzione di tutti quelli che poterono udire il brevissimo colloquio.
Poi, subito, chiese: "È francescano?".
"Sì, Santità"— rispose P. Vito.
Possiamo dire, senza esagerare, che non passa domenica senza che qualche devoto chieda di vedere le "preziosissime reliquie" del nostro confratello P. Cosma Spessotto, martire della Fede e dell'Eucaristia.